Tras derrotar a la SUpervisora por primera vez, ECO 35-2 o Cyborg "Coton", puede salir de Electrocorp, pero la Supervisora al ser de metal líquido se la juega y le logra derrotar. Tras eso conecta su CPU a un sistema y decide avanzar con la rebelión del Virus EGO. Sin embargo, Coton crea el Virus Anarquía para alterar a las máquinas afectadas del EGO y transferir su consciencia a otro cuerpo robótico o una réplica del suyo anterior para escapar de la fábrica o bien derrotar a la supervisora una última vez.

El juego ha mejorado significativamente con respecto a su secuela, es más, le pega mil vueltas, pero el daño con "Rise Of The Robots" ya estaba hecho. Las mecánicas mejoraron, se añadieron más luchadores y fatalities en plan Mortal Kombat.