Syphon Filter possui uma história mediana, no qual assemelha-se aos filmes de ação Hollywoodianos, contudo, o enfoque é quanto aos detalhes nos cenários que são bem ricos nesse quesito.
Vale ressaltar, o jogo é totalmente contra indicativo, portanto, caso você não esteja jogando com um guia, provavelmente ficará perdido mas fases e consequentemente não conseguirá completar os objetivos.